Bioinformatika


A 2004/2005 tan�vben a R�nyi Int�zetben �j szemin�riumot
ind�tunk, ezek h�romhetente p�nteken lesznek 10-13 �s 14-18
�ra k�z�tt. A napok:

2004. Okt. 1, Okt. 22, Nov. 12, Dec. 3,

2005. Feb. 11, M�rc. 4, M�rc. 25, �pr. 15, M�j. 6, M�j. 27

        
        
        Az els� nap programja:

    10-11 technikai egyeztet�sek

    11-12 M�ri Tam�s:
             R�v�sz P�l egy probl�m�ja

    12-13 Michaletzky Gy�rgy:
             The emperor's new tests
             (M.D.Perlman-L.Wu cikke, Statistical Science 14(1999) 355-381)

    14-16 Tusn�dy G�bor:
             (1) A natural class of robust networks
             (M.Aldana-P.Cluzel cikke, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 100(2003) 8710-8714) 
          �s   
             (2) The role of certain Post classes in Boolean network models of
                 genetic networks
             (I.Shmulevich-H.L�hdesm�ki - E.R.Dougherty-J.Astola-W.Zhang cikke,
              Proc. Nat. Acad. Sci. USA 100(2003) 10734-10739)
              
     16-18 tov�bbi technikai egyeztet�sek



A tov�bbi napok programj�t folyamatosan alak�tjuk ki az �rdekl�d�snek megfelel�en.
C�lunk megismerni minden olyan kutat�st �s kutat�t az orsz�gban, ami �s aki a
bioinformatik�hoz tartozik. Terveink k�z�tt szerepel megh�vni olyan el�ad�kat is, 
akik am�gy nem csatlakoznak a szemin�riumhoz. Ebben a tan�vben a legfontosabb c�lunk 
az ismerked�s: ismerked�s az emberekkel �s a t�m�val. Tagadhatatlanul matematikusok 
vagyunk, k�zelebbr�l statisztikusok, de a magunk r�sz�r�l k�szek vagyunk megtanulni 
minden m�s szakm�b�l a legfontosabb alapfogalmakat abban a rem�nyben, hogy ezt a
m�s szakm�k m�vel�i �rv�nyesnek tartj�k a matematik�ra. Kis m�rt�kben elk�pzelhet�, 
hogy lesznek el�ad�sok, amelyek nem tartoznak szorosan a bioinformatik�hoz. Ments�g�l
csak annyit eml�tek, hogy ma m�g nem tudhat�, mi minden kell az eszk�zt�rhoz. Most 
azt tervezem, hogy a bioinformatik�hoz legk�zelebb �ll� el�ad�sok d�lut�n 2 �s 4 k�z�tt
lesznek. Minden �rdekl�od�t sz�vesen l�tok. A szemin�riumok az un.
        KUTY�S teremben lesznek (Bp. V. Re�ltanoda u. 13-15, II. emelet).
        (ez kb. �t perc s�ta �gy az Aszt�ri�t�l mint a Ferencesek ter�t�l)
        

Budapest, 2004. szeptember 21.

                
                
                
                                    
                                    
                                            Tusn�dy G�bor

                        
                        
                        
                        
                        Tematika

A g�n molekul�ris biol�gi�ja
            - a DNS genetiaki szervez�d�se
            - a genetikai k�d
            - a feh�rj�k szerkezete
            - enzimkinetika
            - funkcion�lis genomika, micro array anal�zis
            - regulatory networks

Az evol�ci� elm�lete
            - QTL: quantitative trace loci
            - popul�ci� genetika
            - fitness landscapes
            - a mut�ci� �s szelekci� egyens�lya
            - filogenetikus f�k
            - dinamikus rendszerek
            - evol�ci�s �s genetikai optimaliz�l�s

Az idegrendszer m�k�d�se
            - idegh�l�zatok
            - automatasorok ergodicit�sa
            - lingvisztika, tanul�s
            - alakfelismer�s

Az immunrendszer m�uk�d�se
            - B �s T sejtek
            - az MHC funkci�ja: saj�t �s nem saj�t feh�rj�k
            - az ind�t� jel, Matzinger elm�lete
            - jelp�r: protekton modell

Rosszindulat� daganatok
            - a sejtciklus
            - t�l�l�svizsg�latok, az orsz�gos r�kregiszter

Optimaliz�l�s
            - gradiens m�dszerek
            - simulated annealing

Sztochasztika
            - maximum likelihood m�dszer, EM algoritmus
            - rejtett Markov folyamatok
            - cluster anal�zis
            - inform�ci�elm�let


Nagy adatmez�k vizsg�lata
            hashing
            karaktersorozatok �sszehasonl�t�sa
            d�nt�si f�k